Третій за часом заснування лаврський некрополь був відкритий в 1863 році на схід від Свято-Троїцького собору. Перший час це кладовище називали Засоборним, але після побудови Микільської церкви в 1868-1871 роках воно отримало свою сучасну назву - Нікольське.
Територію майбутнього Нікольського кладовища вирішено було упорядкувати в кінці 1850-х рр. спочатку тут хотіли влаштувати сад за планом, складеним садівників Е. Одінцовим. Однак роботи призупинилися через нестачу коштів. Вдалося лише розчистити територію, частково засипати канал, влаштувавши на його основі ставок зі шлюзом і спорудити огорожу. З трьох воріт, що ведуть від монастиря до Неви, збереглися центральні і північні, з чудовими кованими стулками в арковому отворі.
У 1861 р від ідеї пристрої саду відмовилися, а підготовлене місце відвели під кладовище, в якому лавра гостро потребувала. У лаврських цвинтарних списках перша згадка про поховання «на новому кладовищі що в огорожі за собором» відноситься до вересня 1863 року, коли тут поховали вдову колишнього служителя Сергія Тимофєєва.
З 1868 р кладовищі іменувалося Засоборним, а в 1877 р отримало назву Нікольського, по імені церкви св. Миколи Мірлікійського, побудованої в 1868-1871 рр. за проектом єпархіального архітектора Г.І. Карпова.
Нове кладовище отримало чітку регулярне планування, яку пом'якшує тінистий ставок з живописно закругленими берегами, що витягнувся з півночі на південь. Безпосередньо до огорожі кладовища в 1904-1910 рр. приєдналося триповерхова будівля, облицьований декоративною цеглою, де розмістилися лаврська бібліотека і древлехраніліце, що стали основою музею, розформованого в перші післяреволюційні роки.
Зовнішність Нікольського кладовища відповідав його значенню - це був один з найбільш дорогих і престижних некрополів столиці. Друга половина XIX ст. - час формування Нікольського кладовища - це розквіт історизму в архітектурі, широкого використання мотивів давньоруського зодчества. Численні каплиці-склепи, сімейні місця, що представляють собою закриті кіоски з металевими і скляними огорожами, монументальні портали і газони на цоколях з масивним поребриком, огорожами, хрести всіляких розмірів і малюнків, виконані в камені і металі, - все це разом складало виразний і своєрідний ансамбль. Особливо ефектний був вид кладовища з східного берега ставка, коли в загальну панораму входив силует лаврських будівель: велична громада Троїцького собору, башнеобразниє обсяги Благовіщенській і Федоровской церков.
З 1989 р в некрополі з ініціативи Ленінградського відділення Радянського фонду культури почалася комплексна реставрація пам'яток.
Новий етап історії Нікольського кладовища пов'язаний з відновленням діяльності Микільської церкви. У травні 1985 року після капітального ремонту, церква знову освячена. Нікольське кладовища має особливе значення в історії Санкт-Петербурзької єпархії: тут встановлено хрест в пам'ять святого російського новомученика митрополита Веніаміна.
1992 року в Нікольському поновилися поховання, які мають, як правило, винятковий характер. Першим в пострадянській історії поховали тут Льва Гумільова. Всього за 12 років на Нікольському з'явилося 15 нових надгробків. У їх числі: загиблий в автокатастрофі депутат Держдуми РФ, глава Російського Християнсько-Демократичного Союзу Віталій Савицький; загиблий в Чечні в бою з автоматом в руках генерал-майор Михайло Малафєєв; академік Ігор Глєбов; начальник Північно-Західного митного управління РФ Володимир Бобков. Упокоїлися на Нікольському цвинтарі командувач військами Ленінградського військового округу 52-річний генерал-полковник Сергій Селезньов і його дружина Марія Селезньова, які загинули в авіакатастрофі в 1996 році.
Тут знайшов останній притулок відомий підприємець, в минулому - секретар ЦК ВЛКСМ, начальник штабу будівництва БАМу, секретар Ленінградського обкому КПРС, потім - засновник податкових інспекції та поліції Санкт-Петербурга Дмитро Філіппов. Він загинув від вибуху радіокерованої бомби у власному під'їзді в жовтні 1998 року.
У листопаді 1998 року була розстріляна в під'їзді власного будинку Галина Старовойтова. Могила Старовойтової займає ділянку 4 на 4 метри біля входу на Нікольське кладовищі поруч з церквою. Василь Старовойтов - доктор технічних наук, професор, лауреат Ленінської премії, один з авторів ходової частини «Місяцехід» - пережив дочка на чотири роки. Помер він у віці 83 років в Парижі. Його прах доставили в Санкт-Петербург і поховали в могилу дочки.
Анатолія Собчака Герасимчука через два роки після смерті Галини Старовойтової. Перший мер Санкт-Петербурга похований поруч зі Старовойтової. Автор пам'ятника Михайло Шемякін виготовив бюст по фотографії, яку вибрав Володимир Путін.
