Останній візит Че Гевари в Прагу відбувся з березня по липень 1966 року. Про це стало відомо вже в 1969 році, незабаром після смерті революціонера з виходом його біографії. З чехословацьких джерел ця інформація прозвучала в 1970 році в повідомленні знаходився з офіційним візитом на Кубі міністра закордонних справ тодішньої Чехословаччини Яна Марко. Перший візит латиноамериканського революціонера в столицю Чехословаччини відбувся в 1960 році в складі делегації Фіделя Кастро і, зрозуміло, носив офіційний характер. Другий раз Гевара приїхав до Праги і перебував тут таємно в 1965 році, протягом декількох днів ховаючись в одному з празьких готелів. У третій і останній раз він відвідав Чехословаччину на шляху з Конго в Болівію, розчарований невдалою спробою революції і знесилений астмою.
Че Геварa «Однак, те, де саме проживав під час цього візиту Че Гевара, поки невідомо. У 2007 році про це було знято телевізійний репортаж, цим зацікавилося кілька журналістів, однак, з упевненістю це підтвердити не можна. Точна причина, по якій Че Гевара вибрав саме Прагу, також точно невідома. Можна сказати, що даний приїзд в Прагу є таємним етапом його життя, тому що те, чим він тут займався не можна підтвердити будь-якими матеріальними джерелами. Отже, існує ряд гіпотез. Одна з них свідчить, що у кубинської розвідки в Празі була дуже хороша мережа агентів. Після того, як Че Гевара повернувся з невдалою місії в Конго, він перебував три місяці в Танзанії в кубинському посольстві, після чого відправився в Прагу. Однак, точні причини, чому саме Прага, а, наприклад, не НДР, до сих пір не відомі », - розповідає історик Ярослав Фіала.
З грудня 1962 року чехословацька розвідка співпрацювала з кубинцями на так званій акції «Мануель» - акції, що прикривала кубинських агентів, а також агентів, партизан і терористів з дружніх латиноамериканських країн, які через Прагу відправлялися після навчань на Кубі додому, або ж, навпаки, Прага була етапом на шляху на навчання. Тодішня чехословацька розвідка їм надавала хорошу прикриває інформацію.
Ернесто Че Геварa під час перебування в Празі «Кілька років тому чеський історик Прокіп Томек, який займався цією проблемою і вивчив архіви чехословацької розвідки, видав текст, в якому говорилося, що через акцію« Мануель »пройшло більше тисячі чоловік, проте, не збереглося жодних документів, які говорять про те, що Че Гевара перебував в Празі в рамках цієї акції. З одного боку цю акцію організовувала самостійно чехословацька розвідка, але підготовкою частини кубинців або інших латиноамериканців займалася окремо кубинська розвідка. Справжні особистості більшості підготовлених в рамках цієї акції революціонерів, які не були встановлені. Залишається невідомим, чим вони займалися до цього, і куди вони потім вирушили. Якщо дивитися на ці факт з теперішнього часу, то здається більш логічним, що перебування і охорону настільки видатної особистості не довірили б іноземним організаціям, і все підготувала сама кубинська розвідка і її резиденти, які перебували в Чехословаччині в 1960-і роки », - продовжує Ярослав Фіала.
Завдяки тому, що саме в Празі проходила акція «Мануель» при співпраці з чехословацької розвідкою, у кубинської розвідки, крім прекрасної мережі агентів, в столиці була достатня 
Фідель Кастро і Че Геварa кількість конспіративних квартир, де проживали революціонери. Ще однією з спекуляцій, за словами Ярослави Фіали, є те, що Че Гевара прибув до Праги для того, щоб мати можливість провести час з коханкою Тамарою Бунке, відомої під прізвиськом Таня - подвійним агентом, з одного боку - східно-німецької, з іншого - кубинської розвідки.
Цікавим є той факт, чому в соціалістичній Чехословаччині Ернесто Гевару було необхідно ховатися по конспіративних квартирах?
«З середини 1960-х років Че Гевара став не надто улюбленої фігурою в Східному блоці. Він став активним критиком Радянського Союзу і економічної політики Східного блоку. З початку перемоги кубинської революції він налагоджував зв'язки з лідерами народно-визвольного руху країн «третього світу». У ті роки Фідель Кастро лавірував між двома світами, але, скоріше, схилявся до Радянського Союзу і Східного блоку, який став головним імпортером кубинського цукру. Крім того, після авантюри 1965 року в Конго його переслідувало ЦРУ і ряд інших спецслужб, тому не дивно, що він побоювався за своє життя на території Східного блоку. Можливо, це і є та причина, по якій він переховувався на конспіративних квартирах ».
Тамара Бунке Нечисленні деталі празької життя Че відомі від найближчих його друзів, які перебували з ним в цей, цілком ймовірно, нелегкий період життя революціонера. Нещодавно в чеській пресі з'явилися спекуляції про нібито існували щоденниках Че Гевари. Основу цих чуток дала книга аргентинського письменника, в минулому (1990-ті роки) дипломата в Чеській Республіці Абеля Поссе, що вийшла на іспанською мовою під назвою «Los Cuadernos de Praga». У ній Поссе описує свою нібито відбулася в Празі зустріч з колишнім агентом Держбезпеки, який дав йому поглянути на копії празьких щоденників Че Гевари. Сам письменник зізнався, що книгу можна віднести до розряду белетристики, однак, щоденник «MF DNES» опублікував на її основі непідтверджені документально відомості.
«Чим Че Гевара займався в Чехословаччині, відомо, знову ж таки, від членів його охорони. Він переховувався на конспіративних квартирах. Те місце, де точно він переховувався, до сих пір невідомо. З'являлася інформація, що він спочатку переховувався в квартирах в Празі. Далі історик Хорхе Кастанеда повідомляв, що Че переховувався в будинку в 20-ти км від Праги в напрямку до Лідіце. Ще один варіант - конспіративна вілла в селі Ладва, але, повторюю, доказів цього немає. Також з розповідей членів охорони відомо, що перебування в Чехословаччині було для Че не з приємних. Велику частину часу вони проводили в квартирах, іноді вирушаючи в місто на прогулянку або в ресторан. особливо 
Фідель Кастро (праворуч) і Че Геварa спочатку Че мав побоювання через одного з членів його супроводу - Улісеса Естради - великого темношкірого людини, який привертав увагу. Через побоювання бути розсекреченими, Че Гевара відправив його додому ».
На території Чехословаччини Че Гевара перебував під вигаданим ім'ям Рамон Бенітес, під фальшивою особистістю уругвайського підприємця. Більшість істориків, які займаються даною проблематикою, сходиться на тому, що чехословацька розвідка не знала про його перебування. Крім того, в цей період Че Гевара радикально змінив свою зовнішність - коротко підстригся і поголився і носив окуляри з діоптріями. Отже, більшість спекуляцій про перебування Че Гевари в Чехословаччині поки що не можна підтвердити документально.
«Те, що можна підтвердити, це економічна рукопис Че Гевари, яку він почав писати вже в Конго, тобто, приблизно з 1965 року, в якому він критикував певні економічні тенденції держав Східного блоку, зокрема, експлуатацію країн« третього світу »з боку капіталістичних і соціалістичних країн. У цьому рукописі він зробив акцент на тому, що, з одного боку, економіка соцкраїн користується економічною слабкістю розвиваються 
Че Геварa країн, а з іншого - абсорбує елементи капіталістичної економіки. Він критикував економічні реформи середини 1960-х років, які проходили в соцкраїнах Європи, включаючи Чехословаччину, і стверджував, що прийняття таких заходів, як звільнення від центрального планування і взагалі, вступ на шлях змагання з капкраїнах - небезпечна тенденція, яка зруйнує соціалізм зсередини. У своїх записах він не виключав, що соціалістичні країни в майбутньому перейдуть до капіталізму, тому що цей тренд неможливо утримати », укладає Ярослав Фіала.
У липні з Чехословаччини Че Гевара вирушив поїздом до Відня, звідти - до Швейцарії, звідки - літаком до Москви, а з Москви - в Гавану, де він приступив до підготовки поїздки до Болівії. Він поїхав до Болівії восени 1966 року народження, де був застрелений в 1967 році.
