З кінця серпня 1642 року почався другий період революції - період відкритої громадянської війни. З самого її початку позначилися два табори - табір роялістів і парламентський табір. На стороні короля виступили графства півночі, заходу і південного заходу, економічно відсталі райони країни. Східні і південні графства, промислові райони півночі і центру стояли за парламент. Географічне розмежування двох таборів супроводжувалося глибоким розмежуванням класових сил по всій країні. На стороні короля виступило феодальне дворянство і англіканське духовенство, на стороні парламенту - нове дворянство, буржуазія, селянство, міська дрібна буржуазія, міський плебс.
Парламентська армія складалася з найманих солдатів і могла розраховувати на допомогу міліції графств. Велике значення мало об'єднання міліції різних графств і створення об'єднаних армій східних і центральних графств. Однак в більшості випадків загони місцевого ополчення несли службу тільки в межах своїх графств. Парламентські війська мали централізоване командування, але воно в особі відомого пресвітеріанин графа Ессекса виявився нездатним перемогти роялістів. У вересні та жовтні 1642 королівська армія, що складалася з навчених військовій справі і відданих королю дворян і сильна своїми кавалерійськими частинами, здобула ряд перемог над парламентськими військами. Роялісти погрожували Лондону, а після битви при Еджгілле захопили Оксфорд, який став тимчасовою резиденцією короля. Роялістам вдалося захопити Йорк, Брістоль і інші великі міста. Деякі перемоги парламентської армії в 1643 р, а також велика перемога при Марстон-Муре, здобута військами східних графств під командуванням Олівера Кромвеля, не могли змінити все ходу війни. Головною причиною поразки парламентської армії на першому етапі війни була нерішучість панували в парламенті пресвітеріан. Вони вважали революцію закінченою, прагнули домовитися з королем, не допустити подальшого поглиблення революції.
Проти такої політики рішуче виступали народні маси, а також середні кола буржуазії і джентрі. Вони об'єдналися навколо партії індепендентів. Найвизначнішим її керівником був Олівер Кромвель.
Виходець із сім'ї джентрі, Кромвель молоді роки провів у селі. З малих років він був вихований в пуританському дусі. Смерть батька перешкодила Кромвелю закінчити Кембриджський університет, він змушений був повернутися в свій маєток і тут брав активну участь в громадських справах свого графства. Він цікавився і тим, що робиться у всій країні і за її межами. Особливо його цікавили події Тридцятилітньої війни, яка велася на континенті Європи.
У 1628 р він вперше був обраний до парламенту. Один біограф наступним чином малює Кромвеля: «Він був високого зросту, широкоплечий, з великою благородною головою, покритою густими чорними волоссям, спадаючі пасмами на його комір. У ньому відчувалися мужність, стрункість, рішучість. Його манери були прості, смаки невибагливі, він ніколи не був близький до аристократичних кіл ».
У 1640 р Кромвель був обраний членом Довгого парламенту. На трибуні парламенту він не справив враження як оратор, зате з початком громадянської війни Кромвель відразу придбав популярність як талановитий військовий організатор. У перші роки громадянської війни він був одним з видних командирів міліції східних графств.
Загони Кромвеля складалися з иоменов і ремісників. Він їх називав «людьми духу» за їх відданість пуританізму, який ідеологічно цементував парламентський табір. Загони Кромвеля, що отримали назву «залізнобоких», зіграли велику роль в тих окремих перемогах, які мав парламент. Поряд з Кромвелем видатним керівником індепендентів був Генрі Айртон, зять Кромвеля, генерал парламентської армії, видатний оратор і ідеолог цієї партії.
Поразки парламентських військ влітку і восени 1644 р змусили індепендентів настояти на повній реформу армії. В кінці 1644 р Кромвель виступив з планом її реорганізації. У грудні індепенденти домоглися прийняття акта про відставку всього старого командування, а на початку 1645 року було затверджено акт про «Армії нового зразка». Нова армія складалася з 10 полків піхоти і 11 полків кінноти. Армія набиралася шляхом рекрутських наборів і складалася з селян, ремісників і міських низів. Вищий командний склад складався в основному з дворян і вихідців з буржуазії. Серед нижчого командного складу було багато вихідців з селян і ремісників. Керівництво нової армією було централізовано. Головнокомандувачем парламентської армії був поставлений молодий лорд Ферфакс, людина невизначених політичних поглядів, що задовольняв і пресвітеріан. Але його заступником, спочатку тимчасовим, а потім постійним, був призначений Кромвель, який фактично і керував усіма справами в армії.
У червні 1645 р реорганізована армія вже громила роялістів. Почався новий етап громадянської війни. 14 червня 1645 р при Несбі парламентські війська розбили вщент війська короля і захопили всю артилерію, багато військового спорядження і 5 тисяч полонених. Була захоплена і дипломатичне листування короля, яка показала віроломство і лицемірство Карла I.
Битва при Несбі фактично вирішила результат першої громадянської війни, хоча роялісти ще продовжували триматися на заході і в центрі країни. Однак в березні 1646 р роялісти були розгромлені і на заході, а на початку травня парламентська армія звільнила центр країни і зайняла Оксфорд. Ще до цього Карл таємно втік до шотландцям, сподіваючись на їх захист. Однак шотландці зрадили Карла I парламенту за 400 тисяч фунтів стерлінгів. Формально ця сума сплачувалася шотландцям як відшкодування їх витрат, пов'язаних з веденням війни проти Карла I. Але останній був недалекий від істини, коли заявив в момент передачі його парламентської армії: «Я проданий і куплений». У березні 1647 р були знищені останні опорні пункти роялістів в Уельсі. Перша громадянська війна завершилася перемогою парламенту.
