Московська духовна академія протягом своєї трьохсотрічної історії є найбільшим центром богословської освіти в Російській Православній Церкві.
Заснована в 1685 р з благословення Патріарха грецькими богословами братами Иоакимом і Софронієм Ліхудамі. Спочатку розташовувалася в московському Богоявленському монастирі, потім в Заиконоспасском монастирі . На початку XVIII століття значно розширюється науково-богословська діяльність, зростає число наставників і учнів, вводиться викладання латинської мови, збільшується бібліотека. До числа найбільш значних подій в житті академії відноситься робота над новим виданням слов'янського перекладу Святого Письма (1712-1751).
В результаті реформи церковної освіти на початку XIX ст. були створені передумови для подальшого вдосконалення академічної науки. У цей період склалася школа дослідників російської церковної історії на чолі з ректором академії архімандритом Філаретом (Гумилевським; 1835-1841) і професором протоієреєм Олександром Васильовичем Горським (1833-1875). У ці ж роки академія була переведена з Москви, де належали їй приміщення значно постраждали під час пожежі 1812 р в Свято-Троїцької Сергієвої лаври .
У другій половині XIX - початку XX ст. в історії академії відомо багато нових імен майже у всіх областях богословського знання. Особливо значні досягнення - в області вивчення Святого Письма і в розвитку церковно-історичної науки. Здобули широку популярність праці професора М.Д. Муретова (1851-1917), професора Г.А. Воскресенського (1849-1918), професора В.О. Ключевського (1841-1911), професора А.П. Лебедєва (1845-1908), академіка Е.Е. Голубинського (1834-1912).
Після 1917 р академія була закрита. Заняття були відновлені в 1946 р в Новодівочому монастирі в Москві, а з 1947 р - знову в Троїце-Сергієвій лаврі. При МДА відкритий Церковно-археологічний кабінет, який є найбільшим церковним музеєм в Росії, до недавнього часу не мала аналогів.
Навчання очне і заочне. При МДА діють регентського та Іконописна школи.
